Томская епархия в наши дни является одной из 257 епархий Русской Православной Церкви. В её каноническую территорию входят город Томск, город Северск и семь районов Томской области: Томский, Кожевниковский, Шегарский, Асиновский, Первомайский, Зырянский и Тегульдетский. В ее состав входят 127 приходов, Богородице-Алексиевский мужской монастырь и Томска духовная семинария. Церковная жизнь верующих сосредоточена вокруг храмов и часовен, некоторые из которых сохранились с дореволюционных времен, другие - построены в наши дни. Повсюду ведется реставрация возвращенных епархии храмов, а также строятся новые церкви и часовни - в настоящий момент ведется строительство 36-и новых храмов. Богослужения и Таинства, совершаемые в храмах, освящают жизнь человека, преображают его. Здесь человек духовно рождается в Таинстве Крещения, здесь освящает свою жизнь в Таинствах миропомазания, венчания, соборования, исповеди, соединяется со Христом в Таинстве причащения.
Особое значение имеет и внехрамовая соборная молитва. Стали традиционными для Томска общегородские Крестные Ходы. В Дни славянской письменности и культуры бывает Крестный Ход на Новособорную площадь, где на месте разрушенного в годы гонений Троицкого собора, возносится под открытым небом молитва о граде Томске, Томской епархии и всех кто живет и трудится на Томской земле.
В канун праздника Происхождения древа Креста Господня (13 сентября) для освящения и благocловления города с Крестным Ходом несется святой Крест, к которому в особой капсуле прикреплена великая святыня - частичка того Креста, на котором за нас пролил свою кровь Спаситель мира.
В наши дни постепенно возрождаются и колокольные звоны, которыми раньше славился Томск. Воссозданы звонницы многих храмов: Богоявленского и Петропавловского соборов, Троицкой церкви, Богородице-Алексиевского мужского монастыря, Воскресенской церкви, Спасского храма в с. Коларово. в 2004-м году городу возвращён 1000-пудовый томский "Царь-колокол", который был отлит на воронежском колокололитейным заводе. 3 сентября 2004 года с ударом этого колокола, размещенном на звоннице у Воскресенской церкви, началось празднование 400-летия Томска.
Движимая заботой о духовном просвещении народа, желанием открыть перед человеком сокровища святого Православия, Церковь не ограничивается храмовой проповедью. При большинстве храмов Томской епархии созданы библиотеки православной литературы. Библиотека Богородице-Алексиевского монастыря, куда может записаться каждый желающий, насчитывает более 5000 наименований книг. При библиотеке есть читальный зал.
Особую заботу Церковь проявляет о детях. Многие приходы епархии организовали работу детских воскресных школ, наиболее крупными из которых являются школы при Богоявленском кафедральном соборе, Богородице-Алексиевском монастыре, Троицком, Знаменском и Александро-Невском храмах г. Томска, при Богородице-Владимирском храме г. Северска. Дети изучают Закон Божий, церковное пение, познают Бога сами, а иногда помогают найти дорогу к храму и своим родителям. Ежегодно в епархии проходят летние и зимние православные лагеря отдыха, где проводят каникулы не только дети воскресных школ, но и дети из школ-интернатов. В пасхальные рождественские дни дети под руководством педагогов готовят интересные праздничные концерты. При епархиальном управлении работает Отдел по делам молодежи. Томская епархия поддерживает добрые отношения с высшими и средними учебными заведениями. Стали традиционными ежегодно проводимые совместными усилиями церкви, областной и городской администраций и вузами Духовно-исторические Кирилло-Мефодиевские чтения.
Обращая внимание на душу человека, Церковь не забывает и о земных человеческих нуждах. Дела любви и милосердия были всегда неотъемлемой частью жизни верующих. Большая работа проводится Церковью в местах заключения. Во всех исправительных учреждениях области есть храмы или часовни, духовенство и миряне проводят там богослужения, общаются с заключенными, помогают им встать на путь исправления. Также открыты храмы или часовни во многих лечебных учреждениях. В своем служении Церковь активно взаимодействует с различными государственными и общественными организациями, и различными ветвями власти. Нас объединяет общая озабоченность вопросами духовно-нравственного возрождения народа, восстановления некогда разрушенных храмов, большинство из которых были историческими и архитектурными памятниками.
Наглядным результатом плодотворного сотрудничества Томской епархии и администрации Томской области явилось восстановление Богоявленского собора, ставшего достойным украшением центра города, духовно-административным центром Томской епархии.
Замечательным событием в жизни Томской епархии стало посещение ее Святейшим Патриархом московским и всея Руси Алексием II. Предстоятель Русской Православной Церкви отметил позитивные изменения, произошедшие в жизни Томской епархии, города Томска и томской области за 10 лет, прошедших со времени его первого визита в наш город. Его Святейшество посетил Томский государственный университет, Томский политехнический университет, встретился со студентами Томской духовной семинарии. Патриарх освятил новое здание Епархиального управления, новопостроенную Иверскую часовню. Он совершил богослужения в Петропавловском и Богоявленском соборах, Казанском храме Богородице-Алексиевского монастыря, Спасском храме с. Коларово. В завершении своего визита Первосвятитель освятил построенный в г. Северске храм в честь Владимирской иконы Божией Матери.