В 1604 году по указу царя Бориса Годунова казацким головой Писемский и боярским сыном Тырковым строится крепость, расположившаяся на высокой горе, вблизи впадения в реку Томь Ушайки и по тому названная Томском. В благословение созидаемому граду царь присылает образ Пресвятой Троицы. Повелением государя в городе воздвигается и деревянный храм во имя Живоначальной Троицы. Во круг этого храма начинает созидаться церковная и общественная жизнь на томской земле, возвещаться непреходящая истина святого Евангелия.

Одни за другими возводились в Томске и окрестных землях храмы и часовни. Умножалось и количество православных как за счет переселенцев, осваивавших Сибирь, так и за счет принимавших Православие местных жителей. К середине XVII столетия назрела необходимость открытия в Томске самостоятельной архиерейской кафедры. Этот вопрос рассматривался на Большом Московском соборе 1666-1667 гг., где было определено: "Ради церковного устроения: и по Богоревнивому желанию благочестивого Самодержца: царя Алексия Михайловича: мы, православные патриархи - Паисий, Божею милостию папа и патриарх Антиохийский и всего Востока; Иосиф, Московский и всея Руси, преосвященные миторополити, архиепископи и епископи и весь освященный Собор благословихом и утвердихом в царстве Сибирском, в Тобольске с окрестными грады, вместо архиепископи и метрополии быти, в Томске граде - епископу". 

Однако исполнение соборного решения затянулось почти на два столетия, епископ в Томск назначен не был, а томские приходы продолжали находиться под омофором Тобольских митрополитов. Только в 1834 году в Томск назначается епископ и Томская епархия начинает своё практическое существование. Первым епископом Томским и Енисейским становится преосвященный Агапит (Вознесенский), человек образованный и благочестивый. Пред назначением в Томск он нес послушание настоятеля Елецкого монастыря в Чернигове и был инспектором Черниговской духовной семинарии. Провожая избранного епископа в далекую Сибирь, Агапиту вручили в Чернигове жезл святителя Феодосия Черниговского. Эта святыня была привезена в Томск, предавалась от одного епископа к другому и являлась символом Томской епархии.

 

С образованием Томской епархии церковная жизнь в этом регионе становится более организованной и глубокой. По всей епархии строились храмы и часовни, открывались церковно-приходские школы, церковь заботилась о бедных и несчастных, противостояла человеческим порокам, боролась с пьянством. Православные миссионеры несли свет евангельской правды коренному населению Алтая и Нарымского края. Если в 1834 году в Томской епархии был 181 храм, то в 1917 году их было уже более 1600. Особого расцвета Томская епархия достигла в годы епископского служения в ней святителя Макария (Невского). Именного его заботами были завершены работы по строительству Троицкого собора, являвшегося уменьшенной копией храма Христа спасителя в г. Москве. В мае 1900 г. в этот собор из Благовещенской церкви была перенесена архиерейская кафедра.

Через тяжелые испытания прошла Томская епархия, как и вся русская Православная церковь, после революции 1917 года. Тяжелые гонения и измены раскольников-обновленцев разоряли церковную жизнь. Множество епископов, священников, монахов и мирян за свою верность Богу и Церкви прошли через тюрьмы и ссылки, а многие за Христа отдали свою жизнь. Томская земля была обильно полита кровью христианских мучеников. В её недрах нашли последнее успокоение расстрелянный священномученник Ювеналий Рязанский и многие другие. Напоминанием о тех временах является наклоненный крест на куполе Воскресенской церкви. В 20-х годах власти приняли решение сбросить кресты с этого храма. На один из них была наброшена петля. За трос начали тянуть, крест наклонился, но не упал. Внезапно трос оборвался и один из рабочих погиб. Крест был оставлен на куполе, где и стоит до ныне - наклоненный, но не сломленный.

В 1936 году был арестован, а 25 марта 1938 г. расстрелян епископ Сергий (Васильков), замерз  в заключении епископ Фострий (Максимовский). В 1947 году был арестован и расстрелян последний епископ Серафим (Шамцев).

К 1940 году все храмы Томской епархии были закрыты, многие разрушены и осквернены. Епархия престала существовать. Но вера в сердцах людей не угасла. В 1945 году был открыт Петропавловский собор, а в 1946 г. - Троицкая церковь. Позднее были открыты ещё три храма - в Тогуре, Моряковском Затоне, Асине. Эти храмы, объединенное в Томское благочиние, вошли в состав Новосибирской епархии. В феврале 1997 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви Томская епархия была восстановлена. Епископом Томским и Асиновским был назначен преосвященный владыка Аркадий (Афонин).

С 28 декабря 1998 года Управляющим Томской епархией становится епископ Ростислав (Девятов).

 

Фотогалерея