Томская Духовная Семинария - одно из самых старых учебных заведений города Томска- была открыта 21 сентября 1858 года стараниями епископа Парфения (Попова). В ней обучалось около 200 человек. Первоначально семинария не имела своего помещения и располагалась в архиерейском доме, но заботами святителя Макария (Невского) в 1899 году она перешла в новое, специально построенное для нее здание. После революции 1917 года семинария была закрыта. Весной 1991 года Сибирь впервые принимала Всероссийского Патриарха. Посетив старейший сибирский город Томск и ознакомившись с церковной и общественной жизнью "Сибирских Афин", Святейший Патриарх Алексий II дал высокую оценку Томску как крупному образовательному центру в Сибири, но при этом высказал свое сожаление о том, что в широком спектре предлагаемого молодежи обучения отсутствует духовное образование. И Патриарх благословил возродить в Томске духовную семинарию.
Осенью 1992 года трудами епархиального архиерея, преосвященного Тихона, епископа Новосибирского и Барнаульского, благочинного Леонида Хараима, при активной поддержке всего духовенства и общественности города совершилось второе рождение Томской духовной школы. Первые годы обустройства возрожденной семинарии напоминали ее жизнь в самом начале исторического пути (1858 год), семинария снова была "скиталицей". Первый набор воспитанников семинарии жил и учился на втором этаже деревянного церковного дома по ул. Алтайская, 47, где священники Петропавловского собора, потеснившись, освободили одну из квартир для семинаристов. Девушки - ученицы регентского и псаломщицкого классов - кочевали по разным домам и даже некоторое время жили и учились в помещениях новооткрытого мужского Богородице-Алексиевского монастыря. Неудобства быта и учебы преодолевал