История образа Спаса Нерукотворного очень интересна. В 1666 году жители поселения, расположенного на месте села Спасское, пожелали написать для часовни икону святителя Николая. Они позвали из Томска искусного и благоговейного иконописца (Герасимова Ивана), которому вручили приготовленную для образа доску. Иконописец, наложив на себя и на жителей села пост, пока не напишет икону, “назнаменовал”, т.е. начертил по левкасу на доске контур лика Николая Чудотворца. Наутро, желая продолжать работу, художник с удивлением увидел на доске не лик Святителя Николая, а образ Спаса Нерукотворного. Иконописец загладил лик Христа и вновь назнаменовал образ Святителя Николая. По прошествии второй ночи, на доске опять проявилось изображение Спаса Нерукотворного. Иконописец позвал жителей села и поведал им о чудесных проявлениях на создаваемой иконе. Жители не поверили ему и потребовали вновь загладить на доске образ Спасителя и написать Николая Чудотворца. Иконописец вынужден был в присутствии всех исполнить их волю, икону же отдали на ночь в дом старейших и уважаемых людей. Великий страх объял сердца собравшихся поселян, когда утром они опять увидели на доске образ Спасителя. После этого иконописец красками довершил изображение, а для иконы была устроена сначала часовня, а позднее построен храм. Село также получило название Спасского. От этого образа совершались многочисленные чудотворения.
В начале XVIII столетия на томских жителей обрушилось “поветрие моровой язвы”, на протяжении нескольких лет поражавшей как скот, так и людей. В 1733 г. прихожане томской Благовещенской церкви на общем сходе решили обратиться к Спасскому образу за помощью от многолетней эпидемии. В Томск из Спасского со всей подобающей честью была принесена икона Спаса Нерукотворного. Её поставили посреди города, священники отслужили молебен с водосвятием, жители коленопреклоненно со слезами молились о прекращении болезни. Затем образ перенесли в Благовещенский собор, где он находился восемь дней, по прошествии которых болезнь исчезла. С тех пор благодарные томичи в день Святых апостолов Петра и Павла,стали совершать ежегодный Крестный ход из села Спасское до Томска с чудотворной иконой до 1923 года. В 1788 году потребовалось обновить потемневшую икону, отыскали благоговейного иконописца Даниила Петрова, а игумен Палладий наказал ему старый обветшалый лик с иконы соскрести и написать новый (такая «реставрация» часто практиковалась из-за потемнения олифы, которую не умели смывать). Иконописец, конечно, не смел преслушаться и наскрёб уже с иконы целую горсть краски, а образ Спасителя всё не исчезал. Иконописец, испугавшись, показал икону игумену Палладию. Игумен был удивлён и испуган и приказал оставить лик Спасителя как есть, только исправить недостающее и покрыть новой олифой. После этого с молением, соборно образ отнесли обратно в Спасское. И ещё много чудес совершалось от дивного образа Спасителя по молитвам притекавших к нему христиан.
Судьба иконы сегодня не известна. Икона Спасителя исчезла в 1930-е годы. Вероятнее всего, прихожане тайком укрыли ее подальше от безбожников. Спасскую церковь в эти годы превратили в клуб, затем там устроили зерносклад. Последний настоятель Спасской церкви и хранитель чудотворной иконы священник Петр Кикин, прослуживший в Спасском 30 лет (с 1907 г.), был арестован и, после отказа отречься от сана, 31 августа 1937 года расстрелян.